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Il existe une multitude d'outils de gestion bibliographique. On peut les classer en trois catégories : les logiciels propriétaires payants (EndNote, Reference Manager, RefWorks...), les logiciels open source (BibTeX, JabRef, Zotero...) et les logiciels propriétaires (Mendeley, Colwiz).
Pour choisir et adopter un logiciel de gestion de bibliographique, il faut vérifier qu'il soit capable :
de gérer tous les types de documents (articles, colloques, thèses, livres, rapports...) ;
de s'intégrer aux traitements de texte pour générer des bibliographies ;
de gérer la majorité des formats bibliographiques (APA, Harvard...) et le cas échéant, les adapter ou en créer de nouveaux ;
d'importer et d'exporter des fichiers bibliographiques dans les formats les plus courants (BibTeX, Refer/BibIX, MODS, RIS) ;
d'importer directement les métadonnées à la suite d'une recherche dans une base de données (outils discovery, portails scientifiques spécialisés, bases de sommaires ou bibliographies analytiques) ;
de lier les références aux documents (sur le disque dur ou avec un lien URL vers un document en ligne) ;
de permettre l'ajout de notes et de commentaires ;
d’effectuer des recherches (auteur, titre, résumé…) dans la base de données (parfois dans les notes et dans le texte des documents associés) ;
de gérer les fichiers pdf (recherches textuelles, annotations, copiés-collés, surlignage…) ;
de partager sa bibliographie avec des groupes fermés ou ouverts à l'ensemble des utilisateurs d'un réseau social (c'est le cas de Zotero).
Il faut aussi vérifier le coût de la licence lorsque le logiciel est payant.
Le choix d'un logiciel n'est cependant pas définitif. Il est toujours possible de changer de logiciel en exportant les données d'un logiciel et les important dans un autre. Le transfert automatique des documents attachés (des fichiers pdf le plus souvent) est parfois problématique.
